27/8/2011 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan Gümrük Uzlaşma Yönetmeliği’nin bazı maddelerinde değişiklik yapıldı. 20 Ağustos 2013 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan Yönetmelik ile yapılan değişikliklerle, tüm Uzlaşma Komisyonları’nda yeknesak bir uygulamanın sağlanması ve uygulamada yaşanması muhtemel  aksaklıkların giderilmesi sağlanacak.

Resmi Gazete'nin 20.08.2013 tarihli sayısında yayımlanarak yürürlüğe giren yönetmelik değişikliği ile uzlaşmaya konu olamayacak alacaklar yeniden belirlendi. Yeni yönetmeliğe göre, ilgili mevzuat uyarınca alacağın tahsilat aşamasına geldiği durumlarda söz konusu alacak uzlaşmaya konu edilemeyecek.
Alacağın, Kaçakçılıkla Mücadele Kanunu'nun ilgili maddesinde yer alan kaçakçılık suçlarına ilişkin olması halinde de uzlaşma talebinde bulunulamayacak.

Eşyanın mülkiyetinin kamuya geçirilmesine ilişkin kararlar uzlaşmaya konu edilmeyecek. Ancak, mülkiyetin kamuya geçirilmesine karar verilen eşya ile ilgili gümrük vergileri ve para cezaları uzlaşmaya konu edilebilecek.

Aynı gümrük vergilerinin ödenmesinden yükümlü ile birlikte gümrük müşavirlerinin müştereken ve müteselsilen sorumlu olması halinde yükümlü ile gümrük müşavirinin uzlaşma başvurusu beraber sonuçlandırılacak. Bu durumda, taraflardan biri veya her ikisinin katılımı ile uzlaşma görüşmesi yapılacak. Taraflardan birinin uzlaşma başvurusunda bulunması, diğerinin ise itiraz etmesi halinde, itiraz başvurusunda bulunan tarafın talebi uzlaşma talebi sonuçlandıktan sonra değerlendirmeye alınacak.